Sul circuito di Brno si conferma numero uno Dani Pedrosa. Dopo aver terminato le prime libere al comando della classifica, il pilota spagnolo completa con il miglior tempo pure le seconde libere. Il pilota della Repsol Honda ferma il cronometro a 1'56"454, con ben 377 millesimi di vantaggio sul compagno di squadra Casey Stoner (1'56"831). Terzo tempo, come al mattino, per Marco Simoncelli, che alla guida della Honda del team Gresini gira in 1'57"136, a quasi sette decimi da Pedrosa.
Quarto Jorge Lorenzo, seguito da Andrea Dovizioso e Ben Spies. Valentino Rossi, 11esimo dopo le prime libere, migliora il suo tempo e si porta al settimo posto: 1'57"745, a quasi un secondo e tre decimi dal leader spagnolo. Quindicesimo Loris Capirossi.
