Come nella prima sessione di prove libere a staccare il miglior tempo è Dani Pedrosa del team Honda Repsol. Il pilota spagnolo chiude con il tempo di 2'01"250 le seconde prove libere che vedono ancora le Honda irraggiungibili. Il fresco campione del mondo Casey Stoner chiude con il secondo tempo mentre Andrea Dovizioso è terzo.
Marco Simoncelli ottiene il quarto tempo mentre Valentino Rossi è tredicesimo dietro a Loris Capirossi. Male Katsuyuki Nakasuga, il pilota giapponese che sostituisce Jorge Lorenzo è ultimo.
Di seguito i tempi delle seconde prove libere del Gp della Malesia:
Pos. Pilota Nazione Tempo
1 PEDROSA Dani (SPA) in 0h02'01''250
2 STONER Casey (AUS) + 00:00:00.820
3 DOVIZIOSO Andrea (ITA) + 00:00:01.414
4 SIMONCELLI Marco (ITA) + 00:00:01.573
5 AOYAMA Hiroshi (JPN) + 00:00:01.701
6 EDWARDS Colin (USA) + 00:00:01.741
7 BAUTISTA Alvaro (SPA) + 00:00:01.873
8 DE PUNIET Randy (FRA) + 00:00:01.909
9 SPIES Ben (USA) + 00:00:02.062
10 ABRAHAM Karel (CZE) + 00:00:02.068
11 HAYDEN Nicky (USA) + 00:00:02.195
12 CAPIROSSI Loris (ITA) + 00:00:02.345
13 ROSSI Valentino (ITA) + 00:00:02.427
14 HOPKINS John (USA) + 00:00:02.635
15 CRUTCHLOW Cal (GBR) + 00:00:02.651
16 ELIAS Toni (SPA) + 00:00:02.821
17 BARBERA Hector (SPA) + 00:00:03.353
18 NAKASUGA Katsuyuki (JPN) + 00:00:04.746
