Daniel Pedrosa ottiene la pole position nel Gran Premio della Repubblica Ceca, valido per la 12esima prova del Mondiale. Il pilota spagnolo della Honda Repsol ferma il cronometro sul tempo di 1'56'591, precedendo la Yamaha del campione del mondo Jorge Lorenzo e l'altra Honda di Casey Stoner. Buon sesto posto per la Ducati di Valentino Rossi, che ottiene la posizione all'ultimo giro di qualifica dopo aver disputato delle incoraggianti prove libere. Il Dottore segue Ben Spies, quarto, e Marco Simoncelli, quinto e migliore degli italiani. Andrea Dovizioso giunge settimo, mentre Loris Capirossi chiude in 14esima posizione.
