Era considerato una promessa, il Bayern ha sborsato circa 15 milioni nel 2008 per strapparlo al San Paolo. Ma i ritorni non sono stati eccellenti: Breno, difensore centrale del 1989, ha pagato qualche infortunio e – strada facendo – le incomprensioni con l'ex tecnico Van Gaal. Negli occhi il suo clamoroso errore contro l’Inter nell’ultima Champions: pallone regalato a Eto’o che avviò l’azione decisiva e servì l’assist vincente a Pandev.
Da quel momento Breno con il Bayern ha chiuso. In questi giorni il brasiliano è stato proposto a Lazio e Udinese: ha un contratto in scadenza nel 2012, la sua valutazione non supera i cinque milioni di euro.