Come in ogni Gran Premio dall'inizio dell'anno è la pioggia che fa capolino. Anche al Mugello è arrivato un violento acquazzone che ha costretto i piloti ai box a 12 minuti dal termine delle seconde libere. Tempi quindi bloccati con Sergio Gadea su Aprilia che ottiene il miglior tempo (2'02"167). Dietro allo spagnolo il tedesco Sandro Cortese e l'inglese Danny Webb.
Da segnalare l'ottima prova della wild card Manuel Parziani con il dodicesimo tempo. Il giovane pilota corre nel Campionato Italiano velocità.
